Bermukim di pemukiman kumuh sebuah kota kaya, Rudo dan ayah angkatnya, Regto, berusaha hidup berdampingan dengan penduduk kota lainnya. Namun, Rudo sangat membenci kemewahan dan pemborosan kelas atas. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo sering mengais-ngais sampah di kota untuk mencari barang berguna atau berharga yang bisa diselamatkan dari "Abyss"—lubang raksasa tempat segala sesuatu yang dianggap sampah dibuang, termasuk manusia. Ayah kandung Rudo adalah salah satu korban yang dibuang ke Abyss setelah dituduh melakukan pembunuhan. Suatu hari, setelah bertemu dengan sosok misterius di jalan pulang, Rudo kembali dan menemukan tubuh Regto yang sekarat di lantai. Dia segera ditemukan di tempat kejadian oleh pihak berwenang dan dituduh pembunuhan. Tidak ada yang percaya klaim ketidakbersalahannya, dan dia dilempar ke Abyss. Namun, alih-alih mati, dia menemukan dirinya di tempat aneh yang berbau busuk, dikelilingi oleh monster yang terbuat dari sampah. Ketika Rudo diserang oleh monster-monster tersebut, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang mengaku sebagai "Cleaner"—seorang yang menggunakan senjata khusus bernama Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk tersebut. Untuk membalas dendam pada orang yang membunuh Regto, Rudo terpaksa menjadi Cleaner dan berjuang untuk kembali ke permukaan dan keluar dari Abyss.
